A várhoz vezető domb területén az első települési nyomok a neolitikus korszakra nyúlnak vissza, közel 7 000 évvel ezelőtt. Az évszázadok során több kultúra is élt ezen a dombon, a Púchov kultúra pedig ismert volt az időszakváltás környékén a várdombon való lakóként. Feltehető, hogy a Cotins nevű kelta törzs tagjai voltak az őshordozói. Ők érdekes nyomokat hagytak maguk után, beleértve a kézműves műhelyek alapjait, egy pénzverdét, és még saját érméiket is.
Miután a Cotinsok elhagyták a területet, a várdomb egy ideig elhagyatott maradt. Még az első szlávok érkezése sem hozott életet oda, ahol most állsz, de inkább a közelben lévő Dreveníkra. Mivel a Dreveník-dombon lévő erőd fából készült, élettartama rövid volt. Ezért a 12. és 13. század fordulóján megkezdődött egy kővár építése az Arpad királyi családja utasítására. Az első nagy lakó- és védelmi kör alakú torony a mai felső udvar területén állt, de a dombon lévő tektonikai elmozdulások miatt a 13. században összedőlt. Ezt egy új, kissé kisebb védelmi kör alakú torony váltotta fel, amely ma is uralja a felső udvart.
1241-ben a vár túlélte a kegyetlen mongol inváziót, ellenállt, és megerősítette azt a hitet, hogy csak a kővárak képesek ellenállni ilyen fenyegetéseknek. A mongol fosztogatás után éhínség sújtotta Magyarországot, és a királyi kincstár üres volt. Ezért a vár fejlesztése egy ideig lelassult, amíg IV. Béla király megengedte a provost Matejnek, hogy egy tornyot és palotát építsen a felső udvaron. A 13. században egy másik jelentős építmény is létrejött – az ún. Fioch-torony, amely a alsó udvaron található. Egy idő után épült egy második védelmi torony is az alsó udvaron, és fatorlaszokból készült falak. Ezeket kőfalakkal váltották fel a 15. század körül, amelyek ma is részei az alsó udvarnak.
Az Arpad család uralma után az Anjou dinasztia emelkedett fel a magyar trónra, akik többek között birtokolták a Spiš várát. A 14. századi tulajdonukban a középső udvar védelmi falai is megépültek, összekötve a felső és az alsó udvarokat, létrehozva ezt az óriási várkomplexumot, amely több mint 40 ezer négyzetméteres területet fed le.
A 15. században a vár ajándékba került a Zápoľsky családnak, és birtokukban építettek nyugati palotákat a gótikus stílusban, valamint a középső udvar befejezéséhez és fejlesztéséhez is hozzájárultak. A Zápoľsky család után a Thurzo család vált a vár tulajdonosává, az ősi részeket átépítve kényelmesebb reneszánsz terekbe. A 17. század első felében a Čáky család is jogot formált a vár tulajdonára, és hivatalosan is 1949-ig birtokolta. Uralkodásuk idején keleti paloták is épültek, de a család nem sokáig lakott bennük. A 18. században kiköltöztek a várból a környező modern településekre, és csak a katonaság foglalta el a várat. A vár hanyatlása egy hatalmas tűzvész által okozott 1780-ban, amelynek pontos oka rejtély marad.