Prvé osídlenie hradného kopca sa datuje až do mladšej doby kamennej, teda zhruba 7000 rokov vzad. V priebehu storočí sa na tomto kopci vystriedalo hneď niekoľko kultúr pričom kultúrou, ktorá hradný kopec obývala na prelome letopočtov bola takzvaná Púchovská kultúra. Predpokladáme, že jej nositeľmi boli členovia keltského kmeňa Kotínov. Tí za sebou zanechali niekoľko zaujímavých stôp – základy remeselných dielní, mincovňu a dokonca aj vlastné mince.
Po odchode Kotínov ostal hrad na istý čas opustený. Dokonca ani príchod prvých Slovanov na toto územie nevdýchol život hradnému kopcu, na ktorom stojíte ale vedľajšiemu, zvanému Dreveník. Keďže pevnosť stojaca na kopci Dreveník bola drevená, jej životnosť bola krátka a preto sa na prelome 12. a 13. storočia začalo s výstavbou kamenného hradu na rozkaz kráľovskej rodiny Arpádovcov. Ako prvá stála v oblasti dnešného horného nádvoria veľká obytná a obranná kruhová veža, ktorá sa v 13. storočí zrútila, kvôli tektonickému posunu kopca. Nahradila ju nová, o niečo menšia obranná kruhová veža, ktorá dominuje hornému nádvoriu dodnes.
V roku 1241 prežil hrad nemilosrdný Tatársky vpád, pričom odolal a utvrdil mienku o tom, že iba kamenné hrady dokážu takýmto nástrahám odolať. Po Tatárskom plienení nastal v Uhorsku hladomor a kráľovská pokladnica zívala prázdnotou, preto sa rozvoj hradu na istý čas spomalili až do momentu, keď kráľ Belo IV. povolil prepoštovi Matejovi výstavbu veže a paláca, ktoré sa nachádzajú na hornom nádvorí. V 13. storočí vznikol aj iný významný objekt – takzvaná Fiochova veža, ktorá sa nachádza na dolnom nádvorí. Onedlho vznikla aj druhá obranná veža dolného nádvoria a hradby tvorené drevenými valmi. Tie nahradili približne v 15. storočí kamenné múry, ktoré sú súčasťou dolného nádvoria dodnes.
Po vláde Arpádovcov usadli na Uhorský trón Anjouovci, ktorí boli okrem iného aj majiteľmi Spišského hradu. Počas ich vlastníctva vznikli v 14. storočí obranné múry stredného nádvoria, ktoré prepojili časti horného a dolného nádvoria, čím vznikol tento obrovský hradný koplex s rozlohou vyše 40 tisíc metrov štvorcových.
V 15. storočí dostala hrad darom nie kráľovská rodina Zápoľskovcov. Tí sa v rámci rozvoja hradu zaslúžili výstavbou západných palácov, vybudovaných v gotickom štýle, ale aj dobudovaním a vylepšením stredného nádvoria. Po Zápoľskovcoch sa majiteľmi hradu stali Turzovci, ktorí prestavali vrchné časti hradu do pohodlnejších renesančných priestorov. V prvej polovici 17. storočia si na hrad uplatnila nárok rodina Čákyovcov, ktorá napokon hrad oficiálne vlastnila až do roku 1949. Za ich pôsobenia boli vystavané východné paláce, no rodina v nich nebývala dlho. Počas 18. storočia sa z hradu odsťahovali do okolitých modernejších usadlostí a hrad obývalo už iba vojsko. Zánik hradu spôsobil obrovský požiar v roku 1780, ktorého presná príčina ostáva záhadou.